Κόρη ενός ζευγαριού ηθοποιών, η Μαρίκα γεννήθηκε – σχεδόν – πάνω στο θεατρικό σανίδι. Μεγάλωσε παραμελημένη, μέσα στη φτώχεια και δεν φοίτησε ποτέ, κανονικά, σε σχολείο. Στα 15 της κατάφερε να προσληφθεί στο «βασιλικό θέατρο» και στα 21 της είχε, ήδη, τον δικό της θίασο.
Η κόντρα της με την – επίσης σπουδαία ηθοποιό – Κυβέλη, έγινε θρύλος . Ήταν άνθρωπος των ακρών και ζούσε τον ερωτά χωρίς φραγμούς.
Το 1908 γνώρισε τον Ίωνα Δραγούμη στην Κωνσταντινούπολη και έγιναν αμέσως εραστές. Το πάθος της Κοτοπούλη για τον Δραγούμη συναγωνιζόταν τον εθισμό της στη μορφίνη.
Το ζευγάρι συζούσε επίσημα προκαλώντας τις αντιδράσεις της συντηρητικής αθηναϊκής κοινωνίας. Η Κοτοπούλη έκανε τελικά έναν γάμο με τον επιχειρηματία, Γιώργο Χέλμη, αλλά δεν απέκτησε παιδιά.
Πέθανε στα 67 της, από έμφραγμα και η σορός της εκτέθηκε σε λαϊκό προσκύνημα.