Η ανοικοδόμηση του ναού από την αρχή ήταν ένα από τα στοιχήματα της ελληνοαμερικανικής κοινότητας.
Η νέα εκκλησία σχεδιάστηκε από τον αρχιτέκτονα Σαντιάγο Καλατράβα. Την κατασκευή του ναού παρακολούθησε με αναρτήσεις του στα κοινωνικά δίκτυα ο Ισπανός αρχιτέκτονας.
Το 2015 έγραφε ότι η εκκλησία θα γίνει ένα σύμβολο ενότητας και σύμβολο για το πώς ξεπερνάμε αντίξοες συνθήκες.
Έπειτα από μια προσωρινή παύση, οι εργασίες για την ανοικοδόμηση του ναού άρχισαν ξανά το 2020 και στόχος ήταν να ολοκληρωθούν εγκαίρως για την 20η επέτειο της επίθεσης, αλλά αυτό δεν ήταν ήταν εφικτό.
Στις 11 Σεπτεμβρίου 2021, ακριβώς 20 χρόνια από τραγωδία, ο ναός ήταν σχεδόν έτοιμος και, συμβολικά, φωτίστηκε.
Είναι ένα «σύμβολο της δύναμης της Νέας Υόρκης», έγραψε ο αρχιτέκτονας στο Twitter ενώ επισήμανε ότι καθώς ο ναός ήταν το μόνο σημείο λατρείας που καταστράφηκε κατά την τρομοκρατική επίθεση, «το σχέδιο του Αγίου Νικολάου έπρεπε να είναι ένα μνημείο που δείχνει την ανθεκτικότητα και την τύχη».